Очень надо запустить программу, которая использует NET2.0 в wine. На WineHQ написано, что с wine-0.9.49 NET устанавливается http://appdb.winehq.org/appview.php?iVersionId=3754 Может соберете? У меня сборка обломилась на каком-то joystick_linux.c.