> а каким тогда образом у меня после make clean, ./configure, make > Makefile.am все же перегенеровался (или нет)? Это сделал ./configure, > вызвав automake у себя внутри? Да, если дата изменения Makefile.am больше даты изменения Makefile.in, то он автоматически вызывает automake. Это можно даже увидеть.