Запущен xxkb, который помнит раскладки для каждого окна и рисует флажок в заголовке. После переезда на новые иксы окна периодически автоматом сваливаться на английскую раскладку самопроизвольно. Например, пока печатал это сообщение, три раза переключались. Больше никто такого не наблюдает?