[devel] git и пустой каталог (syslog-ng 3.6.1)

[Sergey Y. Afonin]

Приветствую.

Пробую собрать новый syslog-ng, и столкнулся с проблемой пустых каталогов.
Вообще, репозитарий с 3.4.7 их содержит, упоминаются они в ".gitmodules".
Попытка смержить master с git://github.com/balabit/syslog-ng syslog-ng-3.6.1
вызывает ряд конфликтов. Среди прочего вот такой:

warning: Failed to merge submodule modules/afmongodb/libmongo-client (not checked out)
...
CONFLICT (submodule): Merge conflict in modules/afmongodb/libmongo-client

Файловые конфликты разруливаются, но вот что с этим делать, не очень понятно.
Если ничего не делать, то получается 

$ git commit -a
error: unable to index file modules/afmongodb/libmongo-client
fatal: updating files failed

Если каталогу libmongo-client сделать "git rm/git add", всё получается, но
каталог libmongo-client перестаёт попадать в тарбол. Остальные два пустых
каталога из ".gitmodules" в тарбол попадают. Как его правильно вернуть ?

-- 
С уважением, Сергей Афонин