> подключаюсь я допустим через putty
> а мне в терминале этом автоматом команда пользовательская запускается
Пропишите эту команду ее в ~/.bash_profile
Если нужно чтобы она выполнялась _только_ при заходе через SSH - тогда
вокруг нее можно поставить такие вот строчки:
if [ -n "$SSH_CLIENT" ]; then
команда
fi